东察合台汗国的第12任汗阿黑麻在位时，把都城设在吐鲁番。他死前，长子满速儿在吐鲁番即位，成为东察合台汗国的第13任汗。

　　公元1514年夏，东察合台满速儿汗的三弟赛依德推翻了杜格拉特部在天山南路的统治，同年9月称汗，定都叶尔羌(今莎车)，史称叶尔汗国。1533年赛依德死，长子热西德继承汗位，他果断地镇压了杜格拉特部艾弥尔的反抗，巩固了政权。

　　叶尔羌汗国建立之后，在东察合台汗国境内出现了两个政权并存的局面。1543年，满速儿汗死，子沙汗继位。后来，沙汗死于一次袭击瓦刺的战斗中。叶尔羌汗国的第三代汗阿不都克里木(热西德汗的次子)乘机出兵占领了吐鲁番、哈密等东部地区，结束了自东察合台汗国中期以后天山南路分为东西两部的局面，实现了统一。

　　叶尔羌汗国最强盛时的疆域，包括天山南部、巴尔喀什湖以东以南地区、伊赛克湖地区、费尔于纳盆地，巴达克山和瓦汗地区，管辖着祖国西部的实际版图。

　　叶尔羌汗国从1514年建立，历经6代、11位汗主政，到1678年被准噶尔部灭亡，存在了165年。

　　叶尔羌汗国同明朝有着密切的贸易往来，其中主要的是“马—一茶贸易”，同清朝也有着密切的政治、贸易往来。

　　叶尔羌汗国把同明朝的贸易往来视之为“金路”，一旦谁妨碍其畅通，就会遭到汗国的反对。17世纪中叶，叶尔羌第9任汗阿不都拉恢复了与清朝的贸易往来，并遣使进表，确立了与清朝的臣属关系。1656年，阿布都拉汗派遣三十名贡使到北京，进贡了独峰驼、蒙古马、建玉等方物；清朝回赐大量的绢绸。

　　叶尔羌汗国境内的居民主要是信仰伊斯兰教的维吾尔族，统治者为信仰伊斯兰教的察合台和杜格拉特部的后裔。16世纪末到17世纪初，黑山派和白山派两支和卓势力，在叶尔羌汗国统治者们的支持下得到了发展，并终于形成为以夺取叶尔羌汗国政权为目的的两个政治派别。

　　“和卓”是阿拉伯语的音译，意为“圣裔”，是对伊斯兰教创始人穆罕默德后裔的尊称，因而也成为某些并非圣裔的伊斯兰教中的上层人物自我标榜的称呼。

　　叶尔羌汗国第三代汗阿不都克里木执政时，为了加强自己的统治地位，把和卓伊斯哈克·瓦力从中亚地区请到叶尔羌。待到叶尔羌汗国后期，伊斯哈克·瓦力家族已成为左右叶尔羌汗国政局的一大势力。

　　当伊斯哈克·瓦力家族势力蒸蒸日上的时候，伊斯哈克异母兄长的两个儿子，即尤素甫与阿帕克和卓来到了喀什噶尔，逐渐形成一个新的宗教派别．热西德汗之孙阿布杜拉汗统治的后期，将其长子尧勒瓦斯排挤出统治集团核心，派往喀什噶尔出任总督。尧勒瓦斯决意扶植当地这一新的教派，以打击伊斯哈克瓦力家族的势力，进而削弱其父阿布杜拉的地位。这样，过了不到一年，尤素甫与阿帕克和卓兄弟在喀什噶尔得势，从此在天山南路便形成了两派和卓势力。以伊斯哈克·瓦力家族为代表的一派，称为“黑山派”；以尤素甫和阿帕克和卓兄弟为代表的一派，称为“白山派”(亦称“黑帽回”、“白帽回”)。